かつては家族や親戚にMEN2と診断されている人がいない場合は、甲状腺髄様癌に褐色細胞腫か副甲状腺機能亢進症を合併した時にMEN2Aと診断していました。これらの病気は同時におこらないことが多いので、最初の病気が治療されて何年もたってから2番目の病気があらわれ、その時点ではじめて診断がつく場合もあります。MEN2Bの診断は甲状腺髄様癌の他に粘膜下神経腫や特徴的な体型から診断がなされていました。またすでに家族にMEN2と診断された人がいる場合は1か所に病気が見つかった時点（通常は甲状腺髄様癌）でMEN2と診断されます。
しかしながら最近ではMEN2の診断は遺伝子検査が最も確実で有用な方法として利用されるようになってきています。過去には、たとえば甲状腺髄様癌が見つかった患者さんの場合、それがMEN2に伴うものかMEN2とは関係のないものかはわからなかったため、患者さんにはその後も褐色細胞腫や副甲状腺機能亢進症に対する定期検査を勧めていました。実際には甲状腺髄様癌の患者さんのうちMEN2である割合は30％程度ですから、半数以上の方は本来そのような検査は不要なはずです。これに対して、甲状腺髄様癌と診断された方のRET遺伝子を調べることは、その方がMEN2の体質を持っているかどうかを明らかにできるため、その後の定期検査に役立てたり不要な検査を避けたりすることが可能になります。また見つかった甲状腺髄様癌がMEN2によるものであることがわかれば、甲状腺は正常部分も含めて全て手術で取り除く必要がありますが、MEN2とは無関係である場合には正常部分の甲状腺を残しておくことも可能になります。アメリカ癌治療学会ではMEN2を、RET遺伝子の変異と発症との関連性が非常に高く有用性も高いため、日常診療の中で積極的に遺伝子情報を活用すべき疾患であると位置付けています。遺伝子の検査は通常の採血で得られた白血球の遺伝子を調べますから、特に身体的な負担はありません。

遺伝子検査の有用性は患者さんの診断だけに利用されるわけではありません。すでに述べたようにMEN2の体質は50％の確率で子どもに伝わりますし、患者さんの兄弟姉妹もほぼ50％の確率で同じ遺伝子変異、すなわち同じMEN2の体質を持っています。したがってMEN2と診断された患者さんの遺伝子変異が明らかになれば、家族に対しては同じ遺伝子変異を持っているかどうかを検査することによって、それらの人たちがMEN2の体質を受け継いでいるかどうかを明らかにできます。もし家族の遺伝子に患者さんと同じ変化が見つかった時は、その人はたとえ現在何ら異常がなくても将来的にはMEN2を発症すると考えられますので、早期発見、早期治療のために定期的な検査を続け、また甲状腺に対しては予防的手術を考える必要があります。一方遺伝子変異が見つからなかった場合には、その人はMEN2を発症する危険は少なく、定期的な検査も必要ありません。現在MEN2の患者さんのほとんどでRET遺伝子の変異を見つけることができ、これは患者さんの診断を確実なものにするだけでなく、家族の人たちの健康管理に有用な情報にもなるわけです。